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Ya se ha hablado del sistema límbico y de su influencia en las emociones, pero no se ha especificado la crucial influencia de una pequeña estructura conocida como la amígdala. En los seres humanos, la amígdala es un racimo de celulas interconectadas que se asientan sobre el tronco cerebral; son dos y se ubican a cada lado del cerebro. En el ser humano, la amígdala es relativamente grande si se la compara con la de otros animales. Estas estruturas límbicas se encargan principalmente del aprendizaje y el recuerdo del cerebro –es el depósito de la memoria emocional–; si se separa la amígdala del resto del cerebro, esto desencadenará una incapacidad para apreciar el significado emocional de los acontecimientos –"ceguera afectiva"

De la amígdala dependen las emociones primarias. Las lágrimas en los seres humanos, por ejemplo, son desencadenas por la amígdala. Las investigaciones realizadas por el neurólogo Joseph LeDoux han demostrado que la amígdala puede ejercer el control sobre lo que hacemos, aún mientras el cerebro racional procesa una solución.

La amígdala funciona como una especie de central de monitoreo de alarmas, y en caso de presentarse una situación de emergencia, se conecta con los centros cerebrales más importantes y ordena el desencadenamiento de todas las funciones de respuesta defensiva y focaliza la atencion cerebral en la elaboración de esytrategias de supervivencia. Las investigaciones de LeDoux han demostrado la sorprendente eficiencia del sistema perceptivo humano; las señales del ojo y del oido viajan primero al tálamo y luego a la amígdala; una segunda señal viaja hacia el cerebro pensante. Este proceso permite generar respuestas inmediatas sin tener que depender de los cuidadosos cálculos y razonamientos del cerebro racional.